انشيني شوقي افندي نيز، مانند موارد قبل، سبب مشاجرات و انشعابات ديگري در ميان بهائيان شد.

در واقع،‌ عبدالبهاء نسبت به آن چه پدرش تعيين کرده بود،‌تجديدنظر کرد و برادرش ،‌محمد علي افندي ،‌راکه بايد بعد از او به رهبري بهائيان مي رسيد کنار گذاشت و سلسله ولايت امرالله را تأسيس نمود که نخستين آنها شوقي بود و پس از آن بايد در نسل ذکور وي ادامه مي يافت (عبدالبهاء. الواح و وصايا، ص 11-16) شوقي به ياري مادرش به رياست رسيد، ولي گروهي او را نپذيرفتند ، برخي از آنان آيين بهائي را رها کردند که از آن جمله اند : (عبدالحسين آيتي، فضل الله صبحي (مهتدي) و حسن نيکو، و برخي ديگر نسبت به اعتبار وصيت نامه ترديد کردند.
شوقي ، به رسم معهود اسلاف خود، به بدگويي و ناسزا به مخالفان پرداخت و آنان کتابهايي در پاسخ او و مشتمل بر گزارش دوران ابستگي شان به آيين بهائي و مشاهدات خود نگاشتند، چون کشف الحيل عبدالحسين آيتي، خاطرات صبحي و فلسفه نيکو.
شوقي،‌بر خلاف نياي خود، تحصیلات رسمی داشت و در دانشگاه امریکایی بیروت و سپس در آکسفورد تحصیل کرده بود. تحصیلات او در این شهر، به سبب درگذشت عبدالبهاء ناتمام ماند.
نقش اساسی او در تاریخ بهائی، توسعه تشکیلات اداری و جهانی این آیین بودو این فرایند به ویژه در دهه شصت میلادی، در اروپا و امریکا سرعت بیشتری گرفت و ساختمان معبدهای قاره ای بهائی موسوم به مشرق الاذکار به اتمامرسید.
تشکیلات بهائی، که شوقی افندی به آن « نظم اداری امرالله » نام داد، زیر نظر مرکز اداری و روحانی بهائیان واقع در شهر حیفاکه به "بیت العدل اعظم الهی" موسوم است اداره می گردد.
در زمان حیات شوقی افندی، حکومت اسرائیل در فلسطین اشغالی تأسیس شد. تأسیس این حکومت با مخالفت همه کشورهای اسلامی روبرو شد و به ویژه رفتار صهیونیستها با مسلمانان عواطف و احساسات عموم مسلمانان راجریحه دارکرد،‌اما شوقی ،‌علاو بر مکتوبات حاکی از موافقت او و بهائیان با تأسیس دولت اسرائیل ،‌بعد از استقرار این دولت، با رئیس جمهور اسرائیل دیدار کرد و «مراتب دوستی بهائیان را نسبت به کشور اسرائیل بیان و آمال و ادعیه آنان را برای ترقی سعادت اسرائیل» اظهار داشت. (مجله اخبار امری، تیر 1333).  او هم چنین در پیام تبریک نوروز 1329، خطاب به بهائیان اعلام کرد که «مصداق وعده الهی به ابناء‌ خلیل و وراث کلیم ، ظاهر و باهر و دولت اسرائیل در ارض اقدس مستقر» شده است.
در همین پیام، به پیوند استوار دولت اسرائیل با مرکز بین المللی جامعه بهائی اشاره شده است .(شوقی افندی، توقیعات مبارکه، ص 290) موارد متعدد دیگر از ارتباط رهبران بهائی با حکومت اسرائیل، و تلاش های آنان برای به رسمیت شناخته شدن آیین بهائی از سوی این حکومت، در مجلات اخبار امری بهائیان و توقیعات مبارکه شوقی افندی گزارش شده است.
شوقی چند کتاب به فارسی و انگلیسی نوشت:
"

قرن بدیع":


اصل این کتاب به انگلیسی است و در چهار جلد نوشته شده و مشتمل بر تاریخ باب و بهاء تا صدمین سال اعلان ادعای باب، توقیعات مبارکه، مجموعه دستخط های شوقی به مناسبت های گوناگون است در شش جلد به فارسی.

" دور بهائی":

این کتاب به انگلیسی نوشته شده و مروری است بر تاریخ بهائیت و پیش بینی آینده آن طبق نظر عبدالبهاء و ترجمه کتاب تاریخ نبیل زرندی به انگلیسی (در باره این کتاب، محیط طباطبائی، سال 3، ش 9، ص 706). بنابه تصریح عبدالبهاء در الواح و وصایا، پس از وی بیست و چهار تن از فرزندان ذکورش، نسل بعد از نسل، با لقب ولی امرالله باید رهبری بهائیان را به عهده می گرفتند و هر یک باید جانشین خود را تعیین می کرد «نا بعد از صعودش اختلاف حاصل نگردد» (عبدالبهاء، مفاوضات، ص 45-46)، لیکن شوقی افندی،
نخستین فرد از این سلسله عقیم بود و طبعاً بعد از وفاتش ،‌در 1337ش ، دوران دیگری از دو دستگی و انشعاب و سرگشتگی در میان بهائیان ظاهر شد ولی سرانجام همسر شوقی افندی ، روحیه ماکسول، و تعدادی از گروه 27 نفری منتخب شوقی افندی، ملقب به «ایادیان امرالله» اکثریت بهائیان را به خود جلب و مخالفان خویش را طرد و «بیت العدل» را در 1342ش/1964 تأسیس کردند.

از گروه «ایادیان امر الله » در زمان نگارش این مقاله تنها سه نفر یعنی روحیه ماکسول و دو تن دیگر در قید حیاتند و با کمک افراد منتخب بیت العدل که به «مشاورین قاره ای» معروف اند رهبری اکثر بهائیان را به عهده دارند. طبق آمارهای بهائیان، ‌جمعیت بهائیان در جهان، در 1371/1992 ،‌ 5 میلیون نفر تخمین زده می شود.

انشعاب دیگری که به موازات رهبری روحیه ماکسول شکل گرفت،‌ انشعاب «ریمی » بود. از آن جا که طبق پیش بینی عبدالبهاء رئیس دانمی «بیت العدل» باید «ولی امر اللله» باشد و «بیت العدل» بدون ولی امر صلاحیت رهبری ندارد.

چارلز میس ریمی ادعا کرد که جانشین شوقی و ولی امر است.

او دلایلی نیز بر جانشینی خود ارائه و به توطئه قتل شوقی و از بین بردن وصیت نامه وی اشاره کرد. ریمی طرفدارانی در میان بهائیان پیدا کرد و گروه دیگری با عنوان «بهائیان رتدکس» پدید آورد. این گروه امروزه در امریکا ،‌هندوستان ، استرالیا و چند کشور دیگر پراکنده اند.

عده دیگری از بهائیان نیز پس از مرگ شوقی به رهبری جوانی از بهائیان خراسان، به نام جمشید معانی، روی آوردند. این جوان خود را «سماء‌الله» نامید و طرفداران او در اندونزی، هند، پاکستان و امریکا پراکنده اند.