مورخان، عموماً درباره‌ی اخلاق وارسته و درایت و کفایت سیاسی امیر، اتفاق نظر دارند و در شرح خدمات بزرگ او در عرصه‌های سیاسی، اقتصادی، نظامی و قضایی، و تکاپوی مؤثرش در اصلاح امور شهری و اخلاق مدنی، اخذ دانش و تجارب مثبت غربی، و تقویت بنیادهای صنعت و اقتصاد ملی، داد سخن داد‏ه‌اند. بر این همه، باید مدارا و رواداری وی با اقلیت‏‌های رسمی کشور، و تلاش در حفظ حقوق شهروندی آنان را افزود.

آن هنگام که بابیان در اواخر دوران محمد شاه در مناظره‌های علمی عاجز ماندند، دست به فتنه‌انگیزی زدند و به قتل عام مسلمانان در شهرهای زنجان و تبریز و یزد و روستاهای مازندران پرداختند که از جمله وقایع دردناک بود و در این هنگام امیرکبیر، آن اقدام مبارک را در سرکوب بابیان انجام داد که فرقه‌ای ساخته و دست پرورده استعمار بریتانیا بود زد. او به واسطه حمزه میرزا حاکم تبریز فتاوائی از علمای شیخیه آن دیار گرفت و باب به همراه محمد علی زنوزی در ۱۲۶۶ در تبریز به دار آویخته شد.

هرچند امروز برای اهل تحقیق روشن است که فرقه بهائیت پیوند با استعمار بریتانیا داشته و دارد و به عنوان ابزاری «مذهب گونه» در جهت بسط تفکر لیبرالیستی غرب عمل می‌کند؛ اما این روشنایی امروزین در آن روز آغازین وجود نداشت و امیر کبیر با درایت و بصیرت، هم از جهت بدعت در دین و هم از پیوند آنان با دولت بریتانیا، آنها را خطرناک تشخیص داده و به سرکوب و دفع فتنه پرداخت که تاکنون بهائیان کینه و عداوت خاصی از این مرد بزرگ به دل گرفته‌اند.

بهائیان در آغاز مورد توجه دو دولت انگلیس و روس بوده و از حمایات بی‌دریغ هردو بهره می‌بردند، از این‌رو بهائی‌ها دولت انگلیس را دولت فخیمه، دولت قاجار بعد از امیر کبیر را دولت علیّه و دولت روس را دولت بهیّه نامیدند. آنان به عکا رفتند تا بعدها در پیوند با یهود صهیونیسم همچنان زیر چتر حمایت بریتانیا باقی بمانند.

مرحوم امیرکبیر، با سرکوب قاطع فتنه بابیان و اعدام باب و تبعید بهاء همراه با انجام برخی اصلاحات سیاسی - اجتماعی در کشور در چند سال نخست سلطنت ناصرالدین شاه، برای همیشه راه را بر پیشرفت این گروه در تاریخ ایران بست. این نقش بی‌بدیل از چشم بابیان و بهائیان مخفی نمانده و او را آماج کینه‌توزی و فحاشی آنان ساخته است.

به قول نورالدین چهاردهی: «بابی‌ها و بهائیان سرسخت دشمن آشتی ناپذیرند کذا و میرزا تقی‏ خان امیرکبیر و ناصرالدین شاه را لعن فرستند و این دو تن را مانند یزید و شمر می‌نگرند».  سخن دکتر فریدون آدمیت نیز مؤید اظهارات چهاردهی است: «امیر شورش بابیه را برانداخت.»

و به قول شیل وزیر مختار انگلیس در ایران، در گزارش به پالمرستون وزیر خارجه لندن، مورخ ۱۴ مارس ۱۸۵۱ پس از غائله بابیان در زنجان پیروان باب جرئت نکردند که صلح و امنیت عمومی را بر هم بزنند؛ اما بیکار ننشستند و پنهانی فعالیت داشتند تا زمانی که اختلالی ایجاد نمی‌کردند، کسی را با آنان چندان کاری نبود، البته کینه‌ی امیر را در دل داشتند، کینه‌ای که در نوشته‌های هم‌کیشان آنان و بهائی و بهائی‌‏زادگان در ایران و آمریکا، هنوز منعکس است. بابیان توطئه‌ی کشتن شاه و امیر و امام جمعه تهران را چیدند، ولی امیر پرده از روی آن برداشت و آن توطئه را در نطفه خفه کرد، که شرح آن در «المتنبئین» نوشته علیقلی میرزا اعتضاد السلطنه آمده است. 

برای نمونه، عباس افندی می‏‌نویسد: «میرزا تقی‌‏خان امیر نظام … سمند همت را در میدان خودسری و استبداد بتاخت. این وزیر، شخصی بود بی‏‌تجربه و از ملاحظه عواقب امور آزاده. سفاک و بی‏ باک و در خونریزی چابک و چالاک. حکمت حکومت را شدت سیاست دانست و مدار ترقی سلطنت را تشدید و تضییق و تهدید و تخویف جمهور می‏‌شمرد و چون اعلی حضرت شهریاری ناصرالدین شاه در سن عنفوان شباب بودند، وزیر به اوهامات غریبه افتاد و… بی‏ مشورت وزرای دوراندیش، امر به تعرض بابیان کرد…»!

شوقی (نوه و جانشین عباس افندی) در هتاکی به امیر، راه جدش را رفته و در لوح قرن وی را «اتابک سفاک بی‌‏باک» و «امیر سفاک» خوانده (4) و می‌‏نویسد: «اتابک اعظم، تقی سفاک و بی‌‏باک که حکم اعدام سید عالم را صادر نمود و جمعی از اصحاب را در مازندران و نیریز و زنجان و طهران شربت شهادت بنوشانید دو سال بعد… به سخط شهریار پرکین مبتلا گشت و در حمام فین به اسفل السافلین راجع شد. برادرش که در این عمل فظیع شریک و سهیم گشت در همان ایام به دارالبوار راجع شد».

او در قرن بدیع، امیر را «وزیر بی‏ تدبیر»! خوانده و پس از شرح اعدام باب به اهتمام او و برادرش (وزیر نظام) می‌گوید: «امیر نظام سفاک و بی‌‏باک، محرک اصلی شهادت حضرت اعلی باب … دو سال پس از این واقعه هائله با برادرش که همدست و معاضد او بود به هلاکت رسید و جزای اعمال سیئه خویش را به رأی العین مشاهده نمود». به همین شکل، مورخان مشهور بهائی نظیر ابوالفضل گلپایگانی، اشراق خاوری و فیضی در آثارشان امیر را از طعن و دشنام بی نصیب نگذاشته‌اند:

اشراق خاوری، امیر را «وزیر نادان» «وزیر شریر»،  «تقی سفاک»  و «دشمن ستمکار و… خونخوار»  می‏‌خواند و قتلش در حمام فین (به دست عمال استبداد و استعمار) را انتقام الهی! و «عذاب الیم» وی در حق او می‏‌شمارد: «امیر نظام رئیس الوزرا که سبب شهادت حضرت اعلی گشت و برادرش، وزیر نظام، که با او در این جریمه شرکت داشت پس از دو سال به جزای عمل خویش رسیدند و به عذاب الیم مبتلا گشتند. دیوار حمام فین کاشان از خون امیر نظام صدر اعظم رنگین گشت. هنوز هم آن خون باقی است و بر ظلم و ستمی که از دست امیر نظام به وقوع پیوسته شاهدی صادق و گواهی راستگو و ناطق است».

محمدعلی فیضی، امیر را با عنوان «امیر مغرور» فرو کوفته و ابوالفضل گلپایگانی با اطلاق عنوان «سفاح» (خونریز) و «به غایت مستبد» بر امیر  می‌گوید: «اتابک اعظم در علاج کار بابیان فروماند و عاقبت در آن نزدیکی جان در سر کار تهور و استبداد نهاد، زیرا که پادشاه جوان از مقاصد خفیه او ؟! آگاه شد و از سوء سیاست او منزجر گشت و رجال دولت به جهت استبداد او در امور مملکت از نیک خواهی او دوری جستند و عاقبت او را به حکم پادشاه از مناصب دولتی معزول… و… در حمام فین او را به جهان دیگر فرستادند»! 

سرانجام دشمنی امثال میرزا آقاخان نوری نخست وزیر خائن و بی کفایت و جیره‌خوار انگلیس و مهدعلیا و… و نادانی ناصرالدین شاه باعث شد تا در ۲۰ محرم ۱۲۶۸ هجری قمری، امیرکبیر از صدارت معزول شود و در ۲۵ محرم از امارت نظام و از تمام مشاغل دولتی برکنار و چند روز بعد به کاشان تبعید شود. سرانجام به فرمان احمقانه و مستانه ناصرالدین شاه به طرز فیجعی در حمام فین کاشان جام شهادت را بنوشد.

عناصر بهائی چنان که دیدیم، از سر کینه، امیر را فردی بدفرجام خوانده و «مرگ سرخ و زیبای» او در خط مبارزه با استبداد و استعمار را، کیفر سوء الهی در حق وی شمرده‌اند!

اما اینک که پس از گذشت سال‌ها از قتل آن رادمرد به جایگاه او در تاریخ معاصر ایران می‌نگریم، می‌‏فهمیم که امیر اگر ۱۰۰ سال دیگر هم می‌زیست، هرگز این درجه از نفوذ و محبوبیت را در قلب ملت ایران به دست نمی‌آورد.

در واقع، او با این مرگ خونین و زودرس، تبدیل به اسطوره‌ای شد که همواره به کوشندگان راه آزادی و استقلال ایران، درس همت و صلابت و فداکاری می‌دهد.

بارالها ! او را که در راه اعتلای دین خود و رفاه و آسایش ملت و بالندگی کشور خویش گام برداشت، در جوار رحمتت قرین آرامش فرمای …