در حوزه فرق و ادیان بزرگترین خدمت جناب امیر کبیر دستور اجرای اعدام علی محمد باب بوده است . او بخوبی درک کرده بود که فتنه ای که علی محمد آغازگر آن شده می تواند بسرعت و با وجود شاهان نالایق قجر و البته نیم نگاه حمایت دول استعماری از آن به یک فاجعه عظیم در حوزه اعتقاد مردم تبدیل شود . لذا بدون هیچ درنگی سر فتنه را قطع کرده و باقیمانده آنرا از خانه ( ایران )  بیرون کرد .

پس از بروز ادعاهای علی‌محمد شیرازی مبنی بر مهدویت و نبوت، فتنه‌ها و آشوب‌های متعددی به نام او در کشور صورت گرفت. این آشوب‌ها که سه جنگ داخلی را به دنبال داشت، حکایت از به کارگیری خشونت توسط وی، برای ایجاد نفاق درونی به نفع قدرت‌های خارجی داشته است.[ر.ک: تلخیص تاریخ نبیل زرندی، صص 500-264] هم‌چنان که منابع بهائی معترفند: «حکم جهاد با کفّار و تأکید در شدّت رفتار با آنان در کتاب قیّوم الاسماء، کراراً و مراراً از قلم اعلی نازل و کمتر سوره‌ای است که در این کتاب مبارک شامل این حکم نباشد...».[گنجینه حدود و احکام، ص 272-273] در مقابل این آشوب‌ها و زیان‌های وارده به مردم و کشور، مرحوم امیرکبیر که در آن زمان صدرأعظم ایران بود و می‌دانست که قائله‌ی بابیت از سوی اجانب (برای تفرقه‌افنکنی در کشور) آب می‌خورد؛ دستور تعبید و سپس قتل عامل فتنه (علی محمد شیرازی) را صادر کرد.[قرن بدیع، ص 132] از این‌روست که صدرأعظم لایق و خَدوم ایرانی: «... نزد طايفه بابيه در درجه اولی از نفرت و لعن قرار داشته...».[اسدالله مازندرانی،تاریخ ظهورالحق، ص212]

پی‌نوشت:
جنگ قلعه طبرسی (1265 ه.ق)، جنگ نیریز (1266 ه.ق) و جنگ زنجان (1266 و 1267 ه.ق). ر.ک: عبدالحمید اشراق خاوری، تلخیص تاریخ نبیل زرندی، بی‌جا: مؤسسه‌ی چاپ و انتشارات مرآت، بی‌تا، صص 500-264.
عبدالحمید اشراق خاوری، گنجینه حدود و احکام، بی‌جا: موسسه‌ی ملی مطبوعات امری، 128 بدیع، ص 272 و 273.
شوقی افندی، قرن بدیع، ترجمه‌ی نصرت الله مودّت، کانادا: موسسه‌ی معارف بهائی، 149 بدیع، ص 132.
میرزا اسدالله فاضل مازندرانی، تاریخ ظهورالحق، نسخه‌ی الکترونیکی، ص212.