الف)انتقادهای اعتقادی و فقهی 
1- عدم توضیح در مورد مبدأ و معاد:این فرقه توضیحی در مورد مبدأ عالم و انسان نمی‌دهد، معلوم نیست قائل به توحید است یا ثنویت و یا هم‌چون بودیسم منكر مبدأ است، یا چون شمن‎پرست‌ها مظاهر طبیعت را پرستش می‌كند؟.تنها چیزی كه در تاریخ این فرقه به چشم می‌خورد، ادعای الوهیت میرزا حسینعلی بهاء است، وی در صفحه 1 كتاب اقدس خود خویشتن را منبع وحی و تجلّی خدا معرفی كرده، مدعی می‌شود كه خداوند خلقت و تدبیر جهان را به او سپرده است و در كتاب ایام تسعه ص 50 درباره روز تولد خود می‌گوید:«فیا حبّدا هذا الفجر الذی فیه ولد من لم یلد و لم یولد»(ربانی گلپایگانی،1377ش:342) .
در جای دیگر می‌گوید: «خدایی هستم كه در سایه‌های ابر فرود آمدم تا جهانیان را زنده گردانم»(سلطان زاده،1388ش:56). 
این ها تنها مطالبی است كه بهائیان در مورد خدای خود ارائه می‌دهند، ولی توضیحی در كمّ و كیف آن ندارد و نمی‌گویند كه چرا خدایشان نتوانست در ایران بماند و بعد از مدتی زندانی شدن و تبعید نهایتاً در عكّا مرد؟مگر خدا می‌میرد و بندگان خود را بی‌خدا می‌گذارد؟. 
بهائیان علاوه بر مسأله مبدأ در مورد معاد هم مطلبی ارائه نكرده‌اند بطوری که هیچ محققی نمی‌تواند بگوید که آیا آنان قائل به معاد هستند یا تناسخ را می‌پذیرند؟.اگر معاد را قبول دارند كمّ و كیف آن چگونه است؟. 
خلاصه این كه یك بهایی نمی‌داند در مقابل این سؤال كه از كجا آمده و به كجا خواهد رفت جوابی ارائه دهد. 
2- عدم توضیح در مورد نبوت و امام: بهائیان ادعا می‌كنند كه با ظهور باب و بهاء شریعت اسلام الغاء گردیده و دوره رسالت محمدمصطفیa سپری شده و این دوره،دوران زمامداری جمال اقدس الهی و آیین اوست. حال سؤال این است كه آیا آنها به نبوت و امامت اعتقاد دارند یا نه؟ و باب و بهاء نبی و مرسل هستند یا خدای متجلی در جسم انسان؟، و نهایتاً با آمدن آنها شریعت و دین جدید آغاز شده یا آنها ادامه دهنده شریعت قبلی هستند؟.آنان گاهی میرزا حسینعلی را خداوند لم یلد و لم یولد می‌دانند و گاهی پیامبر مرسل و گاهی وی را مهدی موعود می‌شمارند و گاه جانشین باب و انتظار دارند كه مسلك آنان هم شاخه‌ای از اسلام به شمار آید هم به دیده دین مستقل به آن نگریسته شود. 
3- التقاط در احكام عملی: بنیان‌گذاران مسلك بهائیت برای این كه رنگ و بوی مذهب و دین به مسلك خود بدهند احكام عملی كه تقلیدی صوری ازدین اسلام و مفهومی از مسیحیت پولسی است، برای آن دست و پا كرده‌اند كه به چند مورد از این احكام اشاره می‌شود. 
نماز: در آیین بهایی نماز 9 ركعت است كه به صورت انفرادی، صبح و ظهر و شام بر هر فرد بالغی واجب است و قبله آنها شهر عكّا یعنی قبر حسینعلی بهاء می‌باشد، چرا كه وی در كتاب خود گفته:«اذا اردتم الصلوه و لوّ وجوهكم شطری الاقدس»«وقتی نماز می‌خوانید به سوی قبر من نماز بخوانید»(همان:91). 
حج: «بهائیان برای حج به زیارت خانه‌ای در شیراز می‌روند كه سیدعلی محمد باب در آن متولد شده است و هم‌چنین زیارت خانه‌ای در عراق كه تبعیدگاه حسینعلی بهاء بود، حج آنان به شمار می‌رود»(ربانی گلپایگانی،1377ش:72).معلوم نیست حسینعلی بهاء چرا زیارت قبر خود را حج پیروانش قرار نداده؟ گویا می‌خواسته سهمی هم برای سلفش علی محمد باب تعیین كرده باشد كه خانه وی را كعبه بهائیان قرار داده است. 
ازدواج با محارم: «از دیدگاه بهائیان ازدواج با زن پدر حرام است ولی با دختر و خواهر و سایر اقربا جایز است»(همان:35).یعنی در این اباحه‌گری فقط زن پدر حرام شده و با بقیه نزدیکان ولو دختر و خواهر می‌توان ازدواج كرد. 
حکم نجاسات: بهائیان تمام اشیاء را پاك می‌دانند، حتی امثال بول، غائط، سگ و خوك(همان:94) و گویا در این مورد از مسیحیان الگو گرفته‌اند، هم‌چنان كه حسینعلی بهاء در دعوی الوهیت، از آنان متأثر شده‌اند. 
ب)انتقادهای رفتاری 
پیروی از استعمار: مسترهمفر جاسوس انگلیسی كه در دوران قاجار در خاورمیانه به جاسوسی برای انگلستان می‌پرداخته در ضمن معرفی برنامه‌های وزارت مستعمرات انگلیس، برای متلاشی كردن كشورهای اسلامی و از بین بردن اتحاد اسلامی، ایجاد فرقه‌های ساختگی را مهمترین راهكار برای رسیدن به این هدف، ارزیابی می‌كند                                         ( همفر،1387ش:23).به همین دلیل است كه انگلستان در آن دوره چندین فرقه جدید به وجود آورد كه مهمترین آنها قادیانیه در هند، وهابیت در عربستان و بهائیت در ایران بود. هرچند به هنگام ظهور باب،دولت تزاری نقش‌ حامی وی را بازی می‌كرد ( سلطان زاده،1388ش:58)ولی با انتقال قدرت به حسینعلی بهاء و تبعید وی به عكّا در فلسطین كه تحت‌الحمایه انگلستان بود،‌ انگلیس حامی جدید مسلك تازه تأسیس بهائیت شد و حسینعلی با برخورداری از حمایت‌های این دولت توانست آب رفته را به جوی باز آورد و بهابیان را از نو سازماندهی كرده آن را به شبكه جاسوسی كه وظیفه‌اش ایجاد انقلاب در بین مسلمانان و جمع‌آوری اطلاعات برای كشورهای استعماری بود، تبدیل سازد. 
بهائیان با حمایت‌های استعماری و به خصوص انگلیس و آمریكا تأسیس شده و به حیات خود ادامه می‌دهد، به همین دلیل هر گاه، سیاست این دولت‌ها اقتضاء كند گسترش می‌یابد و هر‌گاه حمایت‌‌ آنها كم شود در لاك خود فرو می‌رود و احكام خود را با خواسته‌های این دول تطبیق می‌دهد. 
اگر بخواهیم تقسیم‌ جدیدی در علم ادیان و مذاهب ابداع كنیم باید ادیان و مذاهب را به دو قسمت سیاسی و غیرسیاسی تقسیم كنیم و فرقه‌هایی چون قادیانیه، بهائیه، وهابیه را جزو فرقه‌های سیاسی بشماریم كه با سیاست دول استعماری تأسیس و تأیید می‌شوند و با از دست دادن پشتوانه‌ سیاسی خود به لاك خود می‌خزند. 
تاریخ پر حادثه رهبران بهائى ، نادرست درآمدن پیشگویى هاى آنان و منازعات دور از ادب از یكسو و حمایت‌هاى دولت هاى استعمارى در مواضع مختلف از سران بهایى و بویژه همراهى آنان با دولت اسرائیل از سوى دیگر، زمینه فعالیت در كشورهاى اسلامى ، خصوصا ایران را از بهائیان گرفت . 
مؤلفان بسیارى در نقد این آیین كتاب نوشتند. علماى حوزه‌هاى علمیه شیعه و دانشگاه الازهر و مفتیان بلاد اسلامى جدا بودن این فرقه از امت اسلامى را اعلام داشتند و آنان را مخالفان ضروریات اسلام معرفى كردند. بازگشت برخى مقامات و مبلغان بهائى از این آیین و افشاى مسائل درونى این فرقه ، نیز عامل مهم فاصله گرفتن مسمانان از این آیین بوده است.