مريدان سيد علي محمد در اواخر سلطنت محمد شاه خصوصاً پس از مرگ شاه در سال (1264) ، وقايع خونيني را در  کشور پديد آوردند که اگرچه در تمام آنها نيز شکست در اردوي بابيان رقم خورد امّا به هر شکل اين اتفاقات و حادثه ها در سرزمين ايران و هردو طرف نزاع فرزندان اين کشور بودند   اهم انها به قرار ذيلند:

فتنه  مازندران (قلعه شيخ طبرسي)
در اين شورش که ملا حسين بشرويه‏اي و ملا محمد علي بارفروشي،از اصلي ترين ياران باب فرماندهي اين نبرد را بر عهده داشتند وهر دو نيز  در آن کشته شدند آنان  با حفر  خندقي اطراف قلعه خود را براي جنگ با قواي دولتي آماده ساختند.شوقی افندی مینویسد :
اين کارزار که قسمت اعظم آن در جنگل مازندران بوقوع پيوست مدّت يازده ماه بطول انجاميد( 1)
نبیل زرندی تاریخ واقعه مازندران را از روزیکه  ملا حسین عمامه سبز باب را برسر نهاد و از مشهد بسوی مازندران حرکت کرد ثبت کرده است و مینویسد : وقوع اين مطلب مهمّ تاريخی در روز نوزدهم شعبان سال هزار و دويست و شصت و چهار هجری بود.( 2)
ازوقايع تأسف بار که ماهيت شيطاني ياران باب را به نمايش ميگذارد ، هجوم بر مردم ساده دل پيرامون قلعه است که هيچ توجيه قابل قبولي براي آن وجود ندارد  ،بابيان چون راهزنان با شقاوت و بيرحمي تمام به  قتل و غارت ايشان مي‏پرداختند، حاج ميرزا جاني کاشي از مورخين بابي و علاقمندان باب در کتاب خود آورده است:
«جمعي رفتند و در شب يورش برده، ده را گرفتند و يک صد و سي نفر را به قتل رسانيدند . تتمه فرار نموده، ده را حضرات اصحاب حق، خراب نمودند و آذوقه ايشان را جميعا به قلعه بردند» (3 )
شكست چيزي بود كه قدوس رهبر بابيان هرگز به آن نمي انديشيد او و يارانش آن چنان به پيروزي خود اميد بسيار داشتند. نبيل زرندي مي نويسد: قوه الهي هيچ وقت مغلوب نمي شود ...(4)
پس ميان ايشان و نيروي دولتي جنگ در گرفت و فتنه آنان با پيروزي قواي دولت بازداشت و کشته شدن ملامحمد علي بارفروشي در سبزه ميدان بارفروش‌(بابل فعلي) در 23 جمادي الثاني 1265 پايان گرفت.
فتنه زنجان
در سال (1266) زنجان نيز شاهد  شورشي به سرکردگي ملا محمد علي زنجاني ملقب به حجت  شد اين فرد مدعی نیل به مرتبت اجتهاد بود و قبل از گرایش به بابيت بعلت فتوا هاي عجيب و غريب خود در مسائل مختلف احکام مورد نفرت وانکار علما زنجان بود
بهائیان و بابیان او را به عنوان یکی از مجتهدین بنام شیعه معرفی کرده اند که از پیروان جدی باب بشمار میرفته است اما اگر به نوشته نبیل زرندی درباره حجت زنجانی  توجه شود اواساساً اعتقادی به امام زمان نداشته است در مجلس محاکمه خود در تهران ضمن محاجه با علما رسماً مدعی میشود و میگوید :
 عترت که يکی از دو ثقل است از بين رفته و در ميان نيست ..( 5)
بررسی حالات وی و نحوه ارتباط او با جریان بابیگری نشان میدهد که او اعتقادی به مدعیات باب نداشته و تنها از آن به عنوان محملی برای دست یابی به مقاصد خود بهره می جسته است ( 6)
شاهد ما این است شورش قلعه طبرسی در وقتی اتفاق افتاد که او در تهران بود ولی او برای پیوستن به اصحاب قلعه حرکتی نکرد و اگر نوشته مورخین بهائی مورد اطمینان باشد تنها به اظهار تأسف اکتفا کرد اما هنگامی که جان خود را در معرض خطر دید بلافاصله به زنجان گریخت
 اگر او یارای خروج از تهران را داشت که می بایست برای مساعدت سایر بابیان به مازندران میرفت چرا که باب دستور داده بود :
 بر همهء مؤمنين واجب است که برای مساعدت جناب قدّوس بمازندران بروند زيرااطراف قدّوس و اصحابرا قوای دشمنان خونخوار و بير‌حم احاطه کرده...( 7)
 و اگر خروج ممکن نبود چگونه توانست به زنجان بازگردد( 8)
بهر روی جاه طلبی ها و منازعات او با حاکم و عالمان محلی زنجان به نزاع و کشتاری وحشتناک وبه خاک وخون کشیده شدن بسیاری از افراد بیگناه تبدیل شد  شورشی که با دعواي کودکانه دو طفل مکتبخانه اي آغاز شد  و در نهایت به شکست سنگين بابيان  و مرگ ذليلانه حجت زنجاني منجر گرديد ( 9)این شورش هنوز به اتمام نرسیده بود که در تبریز علی محمد باب به دار آویخته و تیرباران شد
نکته دیگری که نباید از نظر دور بماند حمایت های منابع مجهول الهویه از حجت زنجانی در نبرد خونین او با نیروهای مردمی و دولتی بود نبیل زرندی می نویسد :
مطلب ديگری که باعث تعجّب بود اين بود که از راه غير معلومی پيوسته زاد و توشه باصحاب ميرسيد ( 10)
امان الله شفا که خود روزگاری از مبلغین سینه چاک بهائیت به شمار میرفته است در این باره می نویسد :
شما خود می توانید فکر کنید که در این موقع بابیت تقریباًدر سایر نقاط به کمال ضعف رسیده بود، در خراسان و مازندران با ختم قضیه طبرسی دیگر تقریبا کسی باقی نمانده بود و در جنوب با ختمم قضیه نیریز که تقریبا تمام کسانی که حاضر به فدا کاری بودند کشته شده بودند، دیگر افراد مؤثری باقی نمانده بودند .
حالا فکر کنید این توپ و تفنگها و این اسب و شمشیر و زره ها و این زاد و توشه ها از کجا به زنجان میرسید ....این ـ مطلب ـ نظریه کسانی را که معتقدند روسها بابیان را کمک میکردند را تقویت مینماید
واقعه نيريز
واقعه نيريز يکي  ديگر از فتنه هاي تاريخ بابي است. که در پی آشوب طلبی بابیان و به سر کردگی سید يحيي دارابی اتفاق افتاد .
  بنا به گفته عبدالبها ، قره العين  سيد يحيي را تشويق به ايجاد اين فتنه نموده است(11 ) در اين جنگ که بين نيروهاي بابي و دولتي رخ داد، دست کم ۵۰۰ الي ۶۰۰ بابي کشته شدند.( 12) اين واقعه در ماه مه و يا ژوئن ۱۸۵۰ (ميلادي) در نيريز اتفاق افتاده‌است. ( 13)

پی نوشت :
1- شوقی افندی ، قرن بدیع ترجمه نصر الله مودّت، مؤسّسهء معارف بهائی ،انتاریو کانادا، چاپ دوم ، ١٤٩ بديع - ١٩٩٢ ميلادی ص 105
2- تلخيص تاريخ نبيل زرندی ص ٢٩١
3- حاجى ميرزاجانى کاشانى، نقطةالکاف ص 162)
4- تلخيص تاريخ نبيل زرندي، ص 328.
5-تلخیص تاریخ نبیل زرندی ص 509
6- امان الله شفا نامه ای از سن پالو ، دارالکتب الاسلامیه ، تهران ،1349ص234
7- تلخیص تاریخ نبیل زرندی ص408
8- نک. به : نصرت الله  محمدحسینی ، حضرت باب ص 582
9- ديوان اشعار قرّة العين چاپ اول ١٣٨۵نشر بنياد کتابهاي سوختۀ ايران بيجا ص17
10- نصرت الله محمد حسيني ‏، حضرت باب ، مؤسسه معارف بهائي، صفحه‌ي ۵۱۷
11- نصرت الله محمد حسيني ‏، حضرت باب ، مؤسسه معارف بهائي، صفحه‌ي ۵۱۸
12- تلخیص تاریخ نبیل زرندی ص505
13- تلخیص تاریخ نبیل زرندی ص ٥٢٨