عصر قاجار، نقطه عطف مهمی در ورود اندیشه های غربی به کشور می باشد. در این دوره نه تنها بسیاری از کتب غربی چاپ و منتشر شدند؛ بلکه برخی از مجامع و تشکیلات سیاسی، همچون فراماسونری نیز با اهداف خاصی شکل گرفتند. فراماسونری یا فراموشخانه از تشکیلات مهم و سری با شعارهایی چون آزادی، برادری، برابری، اومانیسم و... بود که به کمک افرادی چون ملکم خان برپا گردید. این تشکیلات با اهدافی نظیر ترویج فرهنگ غربی و از بین بردن شعائر مذهبی فعالیتهای خود را آغاز کرد. علیرغم اینکه اهداف و اقدامات فراماسونری در ابتدا برای بسیاری از مردم ناشناخته بود؛ اما روحانیان با زیرکی تمام از همان آغاز به فعالیتهای آن با دیده تردید نگریسته و به اعتراض با آن برخاستند. در رأس روحانیون، ملا علی کنی قرار داشت که به جرأت می توان گفت اولین اعتراض علنی از سوی او مطرح گردید. آیت الله کنی با نوشتن نامه هایی به ناصرالدین شاه ضمن بیان دلایل خود در مخالفت با فراماسونری، اعلام نمود تا تشکیلات مذکور تعطیل نگردد، دست از اعتراض برنمی دارد. ایشان در مخالفت با این موضوع دلائل خاصی داشتند که  یکی از آن دلایل ارتباط این تشکل یری  با بهائیت بود

بسیاری از اسناد برجامانده از آن دوران حکایت از پیوستن بسیاری از بهاییان به تشکیلات فراماسونری دارد. گذشته از این برخی از اعضای فراماسونری نیز ارتباطاتی با بهاییان داشته اند. چنانچه، طبق اسناد برجا مانده بسیاری از بهائیان و حتی یهودیان با سازمان مذکور ارتباط مستقیم داشته و دیدارهایی میان مقامات این فرقه با کسانی چون ملکم خان صورت گرفته است. بهائیان گذشته از آنکه فرقه ای انحرافی بودند، با بسیاری از شعائر دینی و مذهبی نیز مخالفت داشتند. از این رو بسیاری از عقاید این فرقه از جمله جدایی دین از سیاست، اومانیسم، تسامح و تساهل و... با تشکیلات فراماسونری همخوانی و مطابقت داشت.