عبدالبهاء در سفرهای خود تعالیم باب و بهاء را با آنچه در قرن نوزدهم در غرب، خصوصاً تحت عناوین روشنگری و مدرنیسم و اومانیسم متداول بود، آشتی داد. البته باید توجه داشت که خود بهاءالله نیز در مدّت اقامتش در بغداد با برخی از غرب‌زده‌های عصر قاجار مثل میرزا ملکم خان که به بغداد رفته بودند، آشنا شد. همچنین در مدّت اقامتش در استانبول با میرزا فتحعلی آخوندزاده که سفری به آن دیار کرده بود، آشنا گردید. افکار این روشنفکران غرب‌زده در تحولات فکری میرزا حسینعلی بی‌تأثیر نبود.

پس از عبدالبهاء، شوقی افندی ملّقب به شوقی ربانی فرزند ارشد دختر عبدالبهاء، بنا به وصیت عبدالبهاء جانشین وی گردید. برخی از بهائیان ریاست شوقی را نپذیرفتند و شوقی به رسم معهود اسلاف خود به بدگویی و ناسزا نسبت به مخالفان پرداخت. نقش اساسی او در تاریخ بهائیه، توسعه‌ی تشکیلات اداری و جهانی این آیین بود و این فرایند به‌ویژه در دهه‌ی شصت میلادی در اروپا و آمریکا سرعت بیشتری گرفت و ساختمان معبدهای قاره‌ای بهائی موسوم به مشرق الاذکار به اتمام رسید. 

تشکیلات بهائیان که شوقی افندی به آن «نظم اداری امرالله» نام داد، زیر نظر مرکز اداری و روحانی بهائیان واقع در شهر حیفا در اسرائیل که به «بیت العدل اعظم الهی» موسوم است، اداره می‌گردد. بنابر تصریح عبدالبهاء پس از وی بیست­ وچهار تن از فرزندان ذکورش، نسل بعد از نسل با لقب ولی امرالله باید رهبری بهائیان را بر عهده می‌گرفتند و هر یک باید جانشین خود را تعیین می‌کرد. اما شوقی افندی عقیم بود و طبعاً پس از وفاتش دوران دیگری از دو دستگی و انشعاب و سرگشتگی در میان بهائیان ظاهر شد. سرانجام همسر شوقی افندی، «روحیه ماکسول» و تعدادی از گروه 27 نفری منتخب شوقی ملقب به «ایادیان امرالله» اکثریت بهائیان را به خود جلب و مخالفان خویش را طرد و بیت‌العدل را در 1963میلادی (1342 شمسی) تأسیس کردند. 

گروه ایادیان امرالله با کمک افراد منتخب بیت‌العدل که به «مشاورین قارهای» معروف‌اند، رهبری اکثر بهائیان را برعهده دارند. به موازات رهبری روحیه ماکسول، چارلز میسن ریمی نیز ادعای جانشینی شوقی افندی را کرد و گروه «بهائیان ارتدکس» را پدید آورد که امروزه در آمریکا، هندوستان و استرالیا و چند کشور دیگر پراکنده‌اند. عده‌ای دیگر از بهائیان به رهبری جوانی از بهائیان خراسان، به نام جمشید معانی که خود را «سماءالله» می‌خواند، گروه دیگری از بهائیان را تشکیل دادند که در اندونزی، هند، پاکستان و آمریکا پراکنده‌اند.

آیین‌ها و باورهای بهائیان 

نوشته‌های سید علی‌محمد باب، میرزا حسینعلی بهاءالله و عبدالبهاء، تا حدّی نیز شوقی افندی ربانی، از نظر بهائیان مقدّس است، اما کتب باب عموماً در دسترس بهائیان قرار نمی‌گیرد و دو کتاب اقدس و ایقان میرزا حسینعلی نوری در نزد آنان از اهمیت خاصّی برخوردار است. 

تقویم شمسی بهائی از نوروز آغاز گشته به نوزده ماه، در هر ماه به نوزده روز تقسیم می‌شود و چهارروز (در سال‌های کبیسه، پنج روز) باقیمانده، ایام شکرگزاری و جشن تعیین شده است. بهائیان موظّف به نماز روزانه و روزه به مدّت نوزده روز در آخرین ماه سال و زیارت یکی از اماکن مقدسه‌ی ایشان، شامل منزل سید علی‌محمد باب در شیراز و منزل میرزا حسینعلی نوری در بغدادند. بهائیان همچنین به حضور در ضیافات موظّف‌اند که هر نوزده روز یک‌بار تشکیل می­گردد. در آیین بهایی نوشیدن مشروبات الکلی و مواد مضر به سلامت منع شده و رضایت والدین عروس و داماد در ازدواج ضروری شمرده شده است. 

آیین بهایی از ابتدای پیدایش در میان مسلمانان به عنوان یک انحراف اعتقادی شناخته شد. ادعای بابیت و سپس قائمیت و مهدویت توسط سید علی‌محمد باب با توجه به احادیث قطعی پذیرفته نبود. ویژگی‌های مهدی موعود(عجلّ الله تعالی فرجه الشریف) در احادیث اسلامی به گونه‌ای تبیین شده که راه هرگونه ادعای بی‌جا را بسته است. در احادیث، ادعای بابیت امام غایب به شدّت محکوم شده است. ادعای دین جدید توسط باب و بهاءالله با اعتقاد به خاتمیت پیامبر اسلام (صلّی الله علیه و آله و سلّم) که توسط همه‌ی مسلمانان پذیرفته شده است، سازگار نبود. از این‌رو علیرغم تبلیغات گسترده، بهائیان در میان مسلمانان و شیعیان جایگاهی نیافتند. تاریخ پُرحادثه‌ی رهبران بهائی، نادرست درآمدن پیشگویی‌های آنان و منازعات دور از ادب از یکسو و حمایت‌های دولت­های استعماری در مواضع مختلف از سران بهایی و به ویژه همراهی آنان با دولت اسرائیل از سوی دیگر، زمینه‌ی فعالیت در کشورهای اسلامی، خصوصاً ایران را از بهائیان گرفت. 

مؤلفان بسیاری در نقد این آیین کتاب نوشتند. علمای حوزه‌های علمیه شیعه و دانشگاه الازهر و مفتیان بلاد اسلامی، جدا بودن این فرقه از امّت اسلامی را اعلام داشتند و آنان را مخالفان ضروریات اسلام معرفی کردند. بازگشت برخی مقامات و مبلّغان بهائی از این آیین و افشای مسائل درونی این فرقه نیز عامل مهم فاصله گرفتن مسمانان از این آیین بوده است.